Мезоамериканский центр имени Ю.В. Кнорозова регулярно проводят семинары и круглые столы преподавателей и аспирантов по проблемам изучения доколумбовых культур Америки, письменности Нового Света и другим направлениям исследований Центра.
В 2008 г. совместно с Институтом Латинской Америки РАН Мезоамериканский Центр провел круглый стол по проблемам новейшей истории Латинской Америки и международного сотрудничества с Россией «Гуманитарные стратегии продвижения России в страны Латинской Америки».
В 2011 г. преподаватели, аспиранты и студенты РГГУ, Института антропологии и этнографии РАН выступили на круглом столе «История и культура индейцев Нового Света: современные российские исследования», посвященном новейшим подходам в изучении доколумбовых культур Нового Света.
Начиная с 1999 г. Мезоамериканский Центр раз в два года проводит международную конференцию «Кнорозовские Чтения», посвященную изучению древнейших цивилизаций как Нового, так и Старого Света. Шестые Кнорозовские Чтения прошли в ноябре 2010 г. По итогам конференций вышло три сборника статей и материалов.
Международная конференция "Иерархия и власть в истории цивилизаций" проводится в РГГУ с 2000 г. совместно с Центром цивилизационных и региональных исследований Института Африки РАН. С 2004 г. основным организатором конференции со стороны университета стал Факультет истории, политологии и права и Мезоамериканский Центр имени Ю.В. Кнорозова.
Конференция объединяет ученых, исследующих проблематику власти во всем многообразии ее контекстов, в рамках различных школ и традиций с позиций разных научных дисциплин: политической антропологии, социальной антропологии, истории, археологии, политологии, социологии, философии, психологии и др.
Кроме того ежегодно Мезоамериканский Центр совместно с Международным Центром РГГУ и посольствами латиноамериканских стран организует Дни стран Латинской Америки в РГГУ - Дни Мексики и Дни Гватемалы.